Для логирования медленных запросов Apache очень удобно использовать модуль mod_log_slow, домашняя страница которого находится по адресу
Для установки модуля под CentOS 5 64bit можно воспользоваться репозиторием Southbridge:
yum install modlogslow
или установить пакет по прямой ссылке:
rpm -ihv http://rpms.southbridge.ru/stable/x86_64/modlogslow-1.0.6-1.southbridge.x86_64.rpm
Пример конфигурации можно посмотреть в файле /etc/httpd/conf.d/logslow.conf