В основном это касается Virtual Dedicated Server (VDS/VPS), т.к. дефолтная установка MySQL на CeontOS/Fedora/RHEL с дефолтным my.cnf делает malloc на сотню с лишним мегабайт.
Конечно на потребляемую память MySQL влияют такие параметры как key_buffer, query_cache_size и т.п. Но они по дефолту идут минимальные, а кеш запросов вообще по моему отключен по дефолту.
Так вот все очень просто. Добавляем в my.cnf:
skip-innodb
skip-bdb
Это выключит хандлеры InnoDB и BerkeleyDB и всю потребляемую ими память. Ну конечно делать это нужно если вы не используете вышеприведенные типы таблиц.
Далее рестартуем мускуль и видим в топе что он занимает десяток-другой мегабайт.
PS: в большинстве случаев не помешает опция и skip-networking. А вот thread_cache_size я советую поставить в значение 5-15 (в зависимости от нагрузки) 